政府应该在促进基础研究、研究与发展及及创新方面应该发挥重要的作用。很多人包括政策制定者都有这样直觉性认识，其主要来自于以下事实：[1]
·创新导致新技术；
·技术是经济增长的重要驱动力；
·如果没有政府介入（intervention），厂商对技术的投资将出现不足的情况，特别是对基础研究更是如此；
·政府有责任通过提供激励政策来矫正这种投资不足或市场失灵，从而增加R&D活动。
上述逻辑在论 证政府为什么要介入基础研究、研究与发展及创新方面，一直占主导地位。但是，要从经济学上严格论证政府介入基础研究、研究与发展及创新的正当性，却不是那 么简单。其实，要论证政府介入这些活动的合法性，必须比较市场资源在有政府介入的情况下和没有政府介入情况下效率。这里我们采用Link和 Scott（1998）的论证思路。[2]
设想厂商（或 大学或研究机构）设定了投资某项R&D（含／或基础研究项目）的最低可接受的回报率，称之为私人门槛回报率（private hurdle rate）。如果该组织预期它从该R&D项目投资的私人回报率会低于这个门槛回报率，那么，该组织对这个R&D项目的投资就会出现投资不 足的问题。
一个组织预期R&D（包括基础研究）投资的私人回报率低于门槛回报率，有多种原因。
• 从R&D投资和活动中得到的结果，可能不会有效地解决该组织所需要解决的技术问题。
• 即使R&D项目获得了技术上的成功，但是市场可能会不接受该技术。
• 即使克服了上述技术风险和市场风险，还存在着知识产权的归属问题和其他企业仿制的问题，这些因素可能会导致R&D投资不能实现预期的回报率。
上述分析可以用下图表示。
R&D的社会回报率与私人回报率
（来源Feldman, M.P., et al., 2002. The economics of science and technology, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2002. p.50）
纵轴表示社会回报率，中间的横线是社会门槛回报率。横轴表示私人回报率，中间的竖线是私人门槛回报率。
坐标中间的45度虚线，表示：在这一线上的任何一点社会回报率等于私人回报率。在45度线之上并在私人门槛率左边的区域，是政策考虑的范畴。
设想有三个R&D项目A、B、C，如图所示。
对C项目来 说，其私人回报率大于私人门槛回报率，而且其社会回报率大于社会门槛回报率。C项目的纵向双箭头的距离表示社会回报率与私人回报率之间的差距，该差距表示 从R&D的私人投资给社会带来的溢出效益。虽然厂商不能收获其投资该项目的全部收益，但是其程度尚未达到足以阻止厂商对C项目进行恰当投资的程 度。在这种情况下，厂商对C项目不会出现投资不足的情况。
通常而言，任何一个项目，如果一厂商（或大学或研究机构）预期其私人回报率大于私人门槛回报率，并且该项目的社会回报率大于社会门槛回报率（即在位于图中虚线上或之上的区域），从经济学的观点看，该项目政府没有必要介入，一般不会成为政府支持的对象。
对项目A和 B，其特点是：（1）它们的私人回报率低于其私人门槛回报率；（2）社会回报率高于社会门槛回报率，（3）社会回报率高于私人回报率。对这样的项目，厂商 （或大学或研究机构）会出现投资不足的情况。在这种情况下，政府就应该有所为，采取一些政策工具来解决市场失灵。
我们认为，上述经济学论证，为政府介入R&D的正当性提供了有力而深入的论证，也为政府介入基础研究的正当性提供了有力而深入的论证。
政府应该优先资助的R&D项目和基础研究项目，应该是这样的项目：（1）社会回报率高于厂商（或大学或研究机构）私人回报率；（2）社会回报率高于社会门槛回报率；（3）厂商（或大学或研究机构）私人回报率低于私人门槛回报率。这可以称之为“雪中送炭”的资助。
对于这样的R&D项目和基础研究项目项目：（1）社会回报率高于厂商（或大学或研究机构）私人回报率；（2）社会回报率高于社会门槛回报率；（3）厂商（或大学或研究机构）私人回报率高于私人门槛回报率，政府也可以资助，我们称之为“锦上添花”的资助。
对于社会回报率低于社会门槛回报率（即使社会回报率高于私人回报率），或社会回报率低于私人回报率的R&D项目和基础研究项目项目，政府应该采取“不作为”的政策。
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